A eliminação de uma doença infecciosa em escala mundial, chamada de erradicação da doença, define o objetivo ideal da vacinação. Neste caso, o vírus ou a bactéria desaparece completamente, bem como a necessidade de prosseguir o programa de imunização. No entanto, a erradicação é um processo complexo, e exige condições favoráveis. Como exemplo, a vacinação já erradicou uma doença: a varíola. Por outro lado, a poliomielite está em vias de extinção, e procura-se energicamente erradicar o sarampo.
O controle da doença é um objetivo mais realista para a maioria dos programas de imunização. Isto significa que é possível reduzir significantemente o número de casos, para menos de 1% do nível anterior, assim como prevenir ou controlar rapidamente qualquer surto epidêmico. No controle de uma doença, é preciso manter muito elevados os níveis de imunização, pois os vírus ou as bactérias continuam a circular - embora em quantidade reduzida. Se abandonarmos a vigilância, a enfermidade poderá reaparecer de forma maciça. Os esforços despendidos para reduzir a incidência da coqueluche em crianças representam um bom exemplo do controle da doença.
Algumas vacinas destinam-se essencialmente a uma proteção individual. Por exemplo, a bactéria responsável pelo tétano vive na terra, e não podemos simplesmente evitar todos os riscos da exposição. Assim, a vacina antitetânica protege os indivíduos contra os efeitos da substância tóxica produzida pela bactéria do tétano..
A rubéola é um caso particular. Se a rubéola atacar uma mulher grávida não imunizada, as conseqüências sobre o feto podem ser trágicas. A imunização contra a rubéola serve também para proteger indivíduos ainda não nascidos.
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